復職後に仕事が遅くなったのは能力が落ちたからですか？

能力低下ではなく、回復途上の脳のワーキングメモリ容量が一時的に小さくなっているためです。休職前と同じ処理速度を期待するのではなく、タイムボクシングで1つずつシングルタスクに集中することで、脳に過負荷をかけずに着実に成果を出せます。

タイムボクシングの15分で作業が終わらなかった場合はどうすればいいですか？

15分で終わらなくても問題ありません。アラームが鳴ったら途中でも強制終了し、次のタスクの箱に移ります。未完了分は別の箱に再配置します。「時間内に終わらせること」より「時間で区切って脳を守れたこと」が成果です。

スマートフォンのバイブレーション機能やスマートウォッチの無音アラームを使えば、周囲に気づかれずにタイムボクシングを実践できます。また、Googleカレンダーの通知機能を活用すれば、PC上で自然に時間管理が可能です。

併用可能です。まずTo-Doリストでタスクを洗い出し（ブレイン・ダンプ）、次にそれぞれのタスクを15分の時間の箱に割り当てる、という2段階で使います。To-Doリストだけでは「いつやるか」が不明確ですが、タイムボクシングと組み合わせることで実行力が格段に上がります。